L'aquaculture regroupe plusieurs sortes d'élevages comme la pisciculture (élevage de poissons), la conchyliculture (élevage de coquillages marins : huîtres, moules, praires, coques, etc.), l'algoculture (culture d'algues) ou encore la carcinoculture (élevage de crustacés, essentiellement crevettes et écrevisses). Le réchauffement des eaux favorise dans certaines régions le développement des bactéries au sein des élevages.
Des antibiotiques sont utilisés pour traiter uniquement des infections existantes.
Il existe alors un risque:
- Les effluents des exploitations peuvent contenir des antibiotiques non métabolisés et des bactéries résistantes qui diffusent dans l’eau. Au sein des environnements aquatiques contaminés, un transfert de gènes de résistance peut se dérouler entre bactéries aquatiques et bactéries humaines.
- L’ingestion d’eau contaminée et la consommation d’animaux aquatiques ou de fruits de mer contaminés par des bactéries résistantes peuvent entraîner un portage temporaire de bactéries résistantes dans notre tube digestif. Ce portage peut devenir pérenne si notre microbiote est altéré.
Les conséquences sur le microbiote humain en cas de consommation ou de l’ingestion d’eau ou d’aliments contenant des résidus d’antibiotiques sont actuellement encore difficiles à mesurer.
Les aquaculteurs peuvent limiter la diffusion d’antibiotiques et de bactéries résistantes via :
- Utilisation ciblée des antibiotiques, molécules adaptées, sur prescription vétérinaire, recours fréquent à l’antibiogramme pour le choix du traitement.
- Gestion des élevages pour limiter les infections : biosécurité, contrôle des flores bactériennes en élevage, vaccination des poissons par injection, balnéation ou administration orale, renfort de l’immunité des animaux (vitamines, nutriments), vigilance sur la qualité de l’eau, hygiène des installations, densité de population limitée dans les bassins, travail sur le bien-être animal pour réduire les risques de pathologie.
- Traitement des effluents : mise en place de systèmes de filtration et traitement des eaux usées avant leur rejet dans l’environnement (bassins de rétention et de décantation avant rejet).
- Surveillance de la présence d’antibiotiques et de bactéries résistantes dans les exploitations aquacoles. Participation à un programme de surveillance et de veille sanitaire des principales pathologies.
- Formation des éleveurs à l’utilisation des produits de traitements dont les antibiotiques.